Identification and characterization of codon usage pattern and influencing factors in HFRS-causing hantaviruses
نویسندگان
چکیده
Hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) is an acute viral zoonosis carried and transmitted by infected rodents through urine, droppings, or saliva. The etiology of HFRS complex due to the involvement factors host immune genetic which hinder development potential therapeutic solutions for HFRS. Hantaan virus (HTNV), Dobrava-Belgrade (DOBV), Seoul (SEOV), Puumala (PUUV) are predominantly found in hantaviral species that cause patients. Despite ongoing prevention control efforts, remains a serious economic burden worldwide. Furthermore, recent studies reported hantavirus nucleocapsid protein multi-functional plays major role replication cycle hantavirus. However, precise mechanism nucleoproteins pathogenesis not completely understood. In framework current study, various silico approaches were employed identify influencing codon usage pattern nucleoproteins. Based on relative synonymous (RSCU) values, comparative analysis was performed between HFRS-causing their hosts, suggesting HTNV, DOBV, SEOV, PUUV, inclined evolve patterns comparable those hosts. results indicated most overrepresented codons had AU-endings, revealed mutational pressure force shaping patterns. influence natural selection geographical cannot be ignored bias. Further also demonstrated causing hantaviruses adapted host-specific sustain successful transmission chains within To our knowledge, no study date Thus, proposed computational scheme can help understanding underlying lend helping hand designing effective anti-HFRS treatments future. This although comprehensive, relies methods thus necessitates experimental validation more solid outcomes. Beyond identified behavior, there could other yet undiscovered influences. These should targets further research improve strategies.
منابع مشابه
Factors Influencing Codon Usage Bias in Genomes
O código genético é degenerado, isto é, o mesmo amino ácido pode ser codificado por vários codons. Apesar de codificarem o mesmo amino ácido, estes codons sinônimos não são utilizados da mesma forma em genomas diferentes, e mesmo em um único genoma o padrão de uso dos codons sinônimos pode variar muito entre os genes, ou ainda ao longo de um único gene. Com a recente introdução de seqüências ge...
متن کاملShort peptide epitope design from hantaviruses causing HFRS
Several genotypes of the hantavirus cause hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) and is an important public health problem worldwide. There is now growing interest to develop subunit vaccines especially focused to elicit cytotoxic T lymphocyte responses which are important against viral infection. We identified candidate T-cell epitopes that bind to Class I HLA supertypes towards identify...
متن کاملec adoption and critical success factors of ec in smes in iran
تجارت الکترونیکی شیوه اجرای مسئولیتها، تقابل با مشتریان و امور معمول عملیاتی در شرکتها را تغییر داده است. تجارت الکترونیکی در عمل تنها خرید و فروش کالاها را از طریق ابزار الکترونیک نمی باشد، بلکه تمام فعالیتهای لازم جهت انجام فرایند فروش را نیز در بر میگیرد. در اواخر دهه 1990 بسیاری از شرکتها فعالیتهای خود را به منظور دستیابی به مشتریان جدید و یا ارائه فرصتهای جدید به مشتریان موجود گسترش دادند...
extraction and characterization of allium irancum plant extract and its application in the green synthesis of silver nano particles and oxidation of thiocarbony1 compounds
سنتز سبز نانوذرات فلزی (nps) درسالهای اخیر توجه بسیارزیادی را به خود جلب کرده است. زیرا این پروتوکل کم هزینه وسازگار با محیط زیست از روش های استاندارد سنتز. در این پایان نامه ما گزارش میکنیم یک روش ساده و سازگار با محیط زیست برای سنتز نانوذرات نقره با استفاده از محلول آبی عصاره گیاه allium iranicum به عنوان یک عامل کاهش دهنده ی طبیعی. نانو ذرات نقره مشخص شد با استفاده از تکنیک های uv-visible، x...
synthesis and characterization of some macrocyclic schiff bases
ماکروسیکلهای شیف باز از اهمیت زیادی در شیمی آلی و دارویی برخوردار می باشند. این ماکروسیکلها با دارابودن گروه های مناسب در مکانهای مناسب می توانند فلزاتی مثل مس، نیکل و ... را در حفره های خود به دام انداخته، کمپلکسهای پایدار تولید نمایند. در این پایان نامه ابتدا یک دی آلدئید آروماتیک از گلیسیرین تهیه می شود و در مرحله بعدی واکنش با دی آمینهای آروماتیک و یا آلیفاتیک در رقتهای بسیار زیاد منجر به ت...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Frontiers in Immunology
سال: 2023
ISSN: ['1664-3224']
DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1131647